Trường Đại học Duy Tân được thành lập vào ngày 11/11/1994 theo Quyết định Số 666/TTg của Thủ tướng Chính phủ.[7][8]

Trước năm 1994, trong thời điểm Nhà giáo Ưu tú Lê Công Cơ cùng một số đồng nghiệp vận động thành lập, trường đã gặp không ít khó khăn, đặc biệt là khi Nhà nước chưa có Luật Giáo dục đối với trường tư, và tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng chưa có chính sách cho thành lập các trường tư thục. Vào tháng 3/1994, Thủ tướng Võ Văn Kiệt ký Quyết định số 240/TTg ban hành Quy chế Đại học Tư thục, tâm huyết của Lê Công Cơ với quyết tâm thành lập một trường đại học tư thục đã thành toàn.[1][9][10]

Sau nhiều lần đổi tên đề án, trường đã chính thức được thành lập mang tên Đại học Duy Tân - tên trường hướng theo phòng trào Duy Tân của nhà cách mạng Phan Châu Trinh rất nổi tiếng tại miền Trung.

Nhà giáo Ưu tú Lê Công Cơ, người nhiều năm lãnh đạo phong trào học sinh, sinh viên miền Trung, Đại biểu Quốc hội khóa VIII và nhiều năm gắn bó với ngành giáo dục trở thành Hiệu trưởng đầu tiên của Trường.[11]

Năm 2018, Tiến sĩ Lê Nguyên Bảo tiếp nhận và trở thành Hiệu trưởng tiếp theo của trường Đại học Duy Tân.[12]